La géologie, une particularité du territoire
Le seuil du Poitou est un carrefour géologique entre 2 massifs granitiques et 2 bassins sédimentaires (calcaire). Le Clain et ses affluents traverses, le socle du Massif Central (le Préhobe, le Clain), le socle armoricain (La Vonne et ses affluents en Deux Sèvres), le bassin sédimentaire Aquitain (la Dive, Bouleure, la partie médiane du Clain), et enfin le bassin sédimentaire Parisien (Auxance, Boivre, Pallu, Clain aval).
Le Préhobe, socle granitique, Pressac (nov. 11) 
Lit majeur sur le Clain, socle granitique (élevage) Hiesse (jll 19) 
La Bonvent, bassin calcaire, Brux (avril 10) 
La Dive à Rom, bassin calcaire (avril 10)
En traversant ces différents types de sous-sols et par les activités humaines, le paysage c’est transformé. Les parties granitiques sont dominées par de l’élevage tandis que les partie sédimentaires sont très majoritairement céréalière. La tendance va sur l’extension de culture céréalière sur les zones granitiques.
Lorsque le substrat est granitique, il y a beaucoup de petits cours d’eau. Lorsque le substrat est calcaire, il y a beaucoup moins de cours d’eau, mais des nappes. Il y a des relations entre les nappes et les rivières qui ont été étudiés par le BRGM (Bureau de Recherches Géologiques et Minières).
En termes de cours d’eau, il y a 5 types en fonction des activités humaines et de la géologie. Les cours d’eau dit « agricole » traversant les plaines céréalières, qui ont été curés, avec des assecs et peu de ripisylve. Les cours d’eau dit ‘d’élevage et d’étang’, se retrouvant sur les substrats granitiques. Les cours d’eau dit ‘urbain’, sur de petit tronçon mais très ‘cadrés’ par des berges bétonnées. Les cours d’eau dit ‘en bon état’ qui ont subi peu de modification. Enfin les cours d’eau dit ‘mixte’ qui ont subi des modifications mais tendent au bon état.
Les deux premiers types se retrouvent en tête de bassin versant, tandis que les autres s’écoulent sur des tronçons plus large, au débit plus importants (en ordre de grandeur >1m3/s en moyenne).
Une particularité sur le territoire se constate sur la Dive de Couhé en amont de Rom et sur la Bouleure amont (en Deux-Sèvres). Les eaux superficielles (cours d’eau) s’écoulent vers le Clain, mais les eaux souterraines s’écoulent dans le bassin de Sèvre Niortaise. Cet écoulement est dû à une couche imperméable (l’argile du Torcien) qui est inverse à la pente en surface (topographique). La couche du Toarcien est visible au bord du Clain à Champagné (argile bleuté) dès que l’on creuse un peu.
Cette particularité explique que le SAGE Sèvre Niortaise s’arrête au niveau de Rom, comprenant la partie amont de la Dive, et le SAGE Clain a sa limite en aval, de Couhé à Voulon.
L’eau et les usages
Comme beaucoup de territoire, des enjeux sont liés aux usages de l’eau. Suite aux assecs importants et au développement du territoire, le Clain a été placé en ZRE (Zone de Répartition des Eaux). Les enjeux Quantité, Qualité et Milieux Aquatiques sont mis en évidence dans le SAGE Clain avec l’évolution des quantités prélevées. La répartition du volume d’eau disponible est un enjeu fort pour les usages agricoles, l’eau potable et les cours d’eau en été.
L’irrigation se constate surtout sur les bassins calcaires et tendent de plus en plus vers les massifs granitiques. L’élevage diminue en conséquence. Cependant le volume d’eau disponible pour l’agriculture tend à diminuer pour préserver l’eau potable est les cours d’eau. Les prélèvements se font pour l’essentiel dans les nappes (supra Toarcien surtout et plus rare dans l’infra Toarcien). Le Clain est en partie prélevée au niveau de Poitiers pour produire de l’eau potable (environ 1/3 de la consommation urbaine). Concernant les cours d’eau, des réseaux de surveillance sont mis en place pour avertir la préfecture des risques. (pour plus d’infos Eau Poitou Charente). Des seuils de coupure sont définis pour préserver la ressource.
Il est important de comprendre que « l’on se soucie de l’eau qui vient, mais pas de l’eau qui part ». La limite de la commune, d’un pont, d’un lieu-dit ou une confluence sont des repères sur la rivière au-delà desquels, nous nous soucions plus de l’état des cours d’eau. Par contre ceux situés en aval attendent d’avoir de l’eau, et de l’eau de qualité…
Le Clain à Champagné St Hilaire (sept 06) 
Le Clain à Champagné St Hilaire (sept 06) 
La Vonne à Lusignan (août 12) 
La Vonne à Cloué (août 12)
Les pêcheurs ont généralement un regard plus large, parce qu’ils pratiquent sur d’autres territoires. La pratique du Canoë se fait surtout sur le Clain à partir de Sommières du Clain. Les niveaux d’eau sont assez faibles en amont et sur les affluents (sauf la Vonne).